Dabei sei ein Sachschaden von rund 150.000 Euro entstanden, berichtete das griechische Fernsehen am Donnerstag.
AEK Athen hatte das Cup-Endspiel gegen Olympiakos Piräus in der Hafenstadt Heraklion auf Kreta am Vorabend glatt 0:3 verloren.
Außer Kontrolle
"Es waren Vandalismen der schlimmsten Art. Diese Menschen haben nichts mit Sport zu tun", sagte der Kapitän des Schiffes, Wassilis Pashalis, im Fernsehen. Die nächtliche Fahrt an Bord der Fähre "Ierapetra" sei ein "Albtraum" gewesen, hieß es weiter.
Die außer Kontrolle geratenen Randalierer hatten Rettungsboote zerstört, Sessel ins Meer geworfen, die Bar des Schiffes geplündert und die Aufenthaltsräume demoliert, berichtete das Fernsehen.
Auch bei der Ankunft in der Hafenstadt Rafina im Osten Athens bewarfen die Randalierer die Polizei mit Leuchtkugeln und Gegenständen. Zwei Besatzungsmitglieder und ein Polizist wurden dabei leicht verletzt, hieß es.
Klub will zahlen
Ein Klubsprecher erklärte, AEK Athen werde für die Schäden zunächst aufkommen und anschließend juristisch gegen die Randalierer vorgehen. Deren Identität sei dem Klub bekannt, hieß es weiter.